El periodo Mochica Medio corresponde con los primeros momentos de ocupación humana en San José de Moro (400-600 d. C.). Se caracteriza por la presencia de tumbas en forma de bota las cuales consisten en un pozo de forma alargada, de una profundidad promedio de 2 m, con una bóveda lateral en cuyo interior se depositó al individuo y sus respectivas ofrendas. Posteriormente, dicha bóveda fue clausurada con un sello de adobes. Estos entierros suelen estar distribuidos en “clusters familiares” cuya tumba principal se destaca por contener mayor cantidad y calidad de objetos asociados, sobre todo cerámica y metales.

Los pisos del periodo Mochica Medio presentan gran cantidad de hoyos, de 15 cm de diámetro en promedio, que debieron servir para sostener postes y estructuras temporales que se usaron para albergar a las personas que visitaron SJM durante los días en que se realizaron las ceremonias funerarias. También se han hallado ollas con huellas de cocción, fogones, ofrendas de crisoles y fragmentos de cerámica doméstica.

Al mismo tiempo, en el valle de Jequetepeque se inicio a la construcción de varios sistemas de irrigación en la cuenca del río Chamán y se establecieron sitios como Cerro Chepén, Cerro Catalina, San Ildefonso y Pacatnamú.

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