El Programa Arqueológico San José de Moro se inició en 1991 bajo la dirección de Luis Jaime Castillo (PUCP) y Christopher Donnan (UCLA) contando además con la participación de Ulla Holmquist, Marco Rosas, Carlos Wester, Alana Cordy-Collins y Donna McClelland.

Posteriormente, en 1995, el PASJM atravesó por una segunda fase en su desarrollo, esta vez a cargo de Luis Jaime Castillo, Carol Mackey y Andrew Nelson, llevando a cabo excavaciones tanto en San José de Moro como en el Algarrobal de Moro. En esta etapa también participaron Daniel Fernández, Flora Ugaz, Julio Rucabado, Gabriela Freyre, Juan Pablo Murrugarra, Bill Sapp, Chris Nelson, entre otros estudiantes peruanos y extranjeros.

A partir de 1998, el PASJM viene siendo dirigido por Luis Jaime Castillo, quien junto a varios colaboradores de universidades peruanas y extranjeras realizan investigaciones tanto en San José de Moro como en diversos sitios en el valle del Jequetepeque. A lo largo de estos años se ha contado con la participación de Martín del Carpio, Katiusha Bernuy, Jackelyn Bernuy, Paloma Manrique, Vanesa Bernal, Rocío Delibes, Alfonso Barragán, Rosa Lena, Ángel Guerrero, Cecile Raoulas, Sophie Vallet, Patricia Pérez-Albela, Cecilia Pardo, Pedro Fernández, Jesús López, Beatriz Fernandez, Marta Venegas, Ilana Johnson, Colleen Donley, Moisés Tufinio, María Concepción Godoy, Haru Heshiki, Ethan Cole, Kari Zobler, Katie Chiou, Jessica Castro, Daniela Zevallos, David Rodríguez, Enrique Urteaga, Caroline Thiriet, etc.