En 1991, cuando se iniciaron las investigaciones en San José de Moro, las unidades de excavación tenían dimensiones restringidas, de 2 por 2 m en su mayoría, puesto que nuestros objetivos estaban orientados a responder preguntas puntuales referentes a las superposiciones culturales del sitio y las características de las tumbas y su contenido. A partir de 1996 ampliamos las dimensiones de las áreas de excavación a unidades de 5 x 5 m, lo que nos permitió no solo observar los contextos funerarios en su totalidad, sino además correlacionarlos y contextualizarlos con otra evidencia de orden doméstico y/o arquitectónico.

Desde el año 2000 en adelante, las unidades de excavación han tenido dimensiones de 10 x 10 m, una medida amplia que permite abarcar y entender las relaciones entre los conjuntos funerarios y los contextos ceremoniales. Excavar en unidades de estas dimensiones nos ha permitido documentar simultáneamente hasta 20 tumbas asociadas a una misma capa estratigráfica junto a espacios de producción y almacenamiento de chicha.

Las excavaciones en San José de Moro se realizan por niveles culturales de deposición, registrando cada elemento de forma tridimensional y describiendo su relación con las capas o superficies culturales a las que se asocian. La excavación de los contextos funerarios se realiza de acuerdo a un plan de excavación que permite el uso de diversos métodos cuya aplicación corresponde con los tres tipos de tumba registrados en el sitio: de foso, de bota y de cámara.

Las tumbas de foso son las más simples. Se trata de entierros muy superficiales generalmente de forma alargada que suelen contener solamente un individuo acompañado de pocas ofrendas, por lo que su excavación consiste simplemente en exponer el contenido en su totalidad. Aparecen frecuentemente asociadas a las ocupaciones más tardías del sitio, Transicional y Lambayeque, aunque también se encuentran presentes en las ocupaciones Mochica.

Las tumbas de bota son las más representativas de los periodos Mochica Medio y Mochica Tardío. Se trata tumbas que cuentan con un pozo de acceso (de 2 m de profundidad promedio) que conduce a una cámara lateral donde se colocó al individuo junto con las ofrendas correspondientes; posteriormente esta bóveda fue tapada con un sello de adobes. La excavación de este tipo de contextos consiste en vaciar el pozo de acceso y ubicar el sello que adobes para luego extender la excavación hacia el lado donde se ubique la bóveda funeraria, dejando un perfil que ilustre la superposición de los elementos internos de la tumba.

Las tumbas de cámara suelen ser los contextos funerarios más complejos de SJM. Se trata de cuartos cuadrangulares hechos de adobe y techados con vigas de algarrobo; pueden tener nichos en las paredes, o banquetas a los lados, no obstante, su tamaño y contenido varían de acuerdo al periodo y/o fase a la que se asocian (Mochica Tardío A, B, o C; o Transicional Temprano o Tardío). La excavación de este tipo de contextos se realiza exponiendo todo el perímetro de la cámara con el objetivo de determinar sus dimensiones y proceder al registro de su interior siguiendo niveles de excavación arbitrarios.