En 1991, au début des fouilles réalisées sur le site de San José de Moro, les unités de fouilles avaient des dimensions restreintes, de deux mètres sur deux en général, étant donné que l’objectif était de répondre à des questions précises telles que, documenter la stratigraphie du site et son histoire culturelle, les caractéristiques des tombes et leur contenu. A partir de 1996, les dimensions des aires fouillées passèrent à cinq mètres sur cinq, ce qui permit non seulement d’observer les contextes funéraires dans leur intégralité, mais aussi de les mettre en relation entre eux et les associer avec d’autres vestiges d’ordre domestique et/ou architectural.

Depuis l’année 2000, les unités de fouilles ont eu des dimensions de dix mètres par dix. De telles dimensions permettent d’aborder et de comprendre les relations entre les contextes funéraires et les contextes cérémoniels. En effet, il a ainsi été possible de documenter simultanément jusqu’à vingt tombes associées à une même couche stratigraphique présentant aussi des espaces de production et de stockage de chicha.

Les fouilles à San José de Moro se réalisent par niveau culturel de dépôt, en enregistrant chaque élément de façon tridimensionnelle et en décrivant sa relation avec les couches ou les superficies culturelles auxquelles il s’associe. La fouille des contextes funéraires dépend du type de tombe découvert. Des trois types de tombes que l’on trouve sur le site : en fosse, en botte et à chambre funéraire, va dépendre la méthode de fouilles.

Les tombes en fosse sont les plus simples. Il s’agit d’inhumations très superficielles, généralement de forme allongée, contenant un individu accompagné de quelques offrandes. Sa fouille consiste donc simplement à mettre au jour le contenu de la tombe dans sa totalité. Elles sont souvent associées aux occupations les plus tardives du site, c'est-à-dire durant le Transitionnel et la période Lambayeque, même si elles sont aussi présentes durant les couches d’occupation mochicas.

Les tombes « en botte » sont les plus représentatives des périodes Mochica Moyen et Mochica Tardif. Il s’agit de tombes composées par un puit d’accès (deux mètres de profondeur environ) conduisant à une chambre qui se développe latéralement et où est placé l’individu avec ses offrandes. Cette chambre voûtée est ensuite fermée par un mur d’adobes. La fouille de ce type de contexte consiste à vider le puit d’accès et à localiser le mur d’adobes pour ensuite étendre la fouille dans la direction de la chambre voûtée, tout en ayant le profil illustrant la superposition des éléments internes de la tombe.

Les tombes à chambre funéraire sont les contextes funéraires les plus complexes du site de SJM. Il s’agit de pièces quadrangulaires construites en adobes et dont le plafond est fait de petites poutres en bois d’algarrobo enchevêtrées. Il peut y avoir des niches dans les murs ou des banquettes sur les côtés, néanmoins, leur taille et leur contenu varient selon la période et/ou la phase à laquelle elles sont associées (Mochica Tardif A, B, C, Transitionnel Ancien ou Tardif par exemple). La fouille de ces tombes se réalise donc en mettant au jour tout le périmètre de la chambre funéraire afin de déterminer ses dimensions et procéder à l’enregistrement de son contenu tout en suivant des niveaux de fouilles arbitraires.